Статья посвящена финансовому контролю за реализацией научных проектов класса «мегасайенс». Государство в целях создания инновационной экономики продолжает развивать научные исследования и разработки, в частности создание уникальных проектов класса «мегасайенс». Финансирование таких исследований осуществляется, как правило, за счет средств бюджетов различных уровней бюджетной системы Российской Федерации, в рамках приоритетных национальных проектов или федеральных программ. Поэтому важное значение приобретает государственный финансовый контроль за эффективным и целевым использованием денежных средств бюджетов бюджетной системы Российской Федерации. В статье рассматривается современное состояние государственного финансового контроля за реализацией научных проектов класса «мегасайенс», определен перечень субъектов, обладающих полномочиями как внутреннего, так и внешнего государственного финансового контроля, выделены их отличия и характерные признаки. Проведен анализ мониторинга как одного из направлений деятельности Счетной палаты Российской Федерации, где сделан акцент на бюджетном мониторинге. Анализируются проблемы и недостатки при осуществлении государственного финансового контроля за реализацией научных проектов. Выявлены особенности современного состояния государственного финансового контроля и определены тенденции его развития и совершенствования.